La Commission Episcopale Justice et Paix est opérationnelle à travers ces 10 structures que sont les Commissions Diocésaines Justice et Paix(CDJP).

Géographiquement,les CDJPs s’étendent des Diocèses, les paroisses, les Centrales (Succursales), voire dans les Communautés Ecclésiales de Base (CEB). 

A chaque niveau, elle est animée par un comité composé du Président, un Vice-président, un Secrétaire et des membres nommés ou cooptés en fonction de leur compétence et de leurs qualités chrétiennes personnelles. 

Au niveau national, la Commission Épiscopale « Justice et Paix » est présidée par un Évêque désigné par ses pairs. Les activités courantes sont assurées par un Secrétariat National.