La Commission ‘’Justice et Paix’’ est opérationnelle dans les diocèses, les paroisses, les Centrales (Succursales), voire dans les Communautés Ecclésiales de Base (CEB). A chaque niveau, elle est animée par un comité composé du Président, un Vice-président, un Secrétaire et des membres nommés ou cooptés en fonction de leur compétence et de leurs qualités chrétiennes personnelles. Au niveau national, la Commission Épiscopale « Justice et Paix » est présidée par un Évêque désigné par ses pairs. Les activités courantes sont assurées par un secrétariat national.